Thème 1 : Influence du génotype végétal sur les interactions biotiques et abiotiques dans les écosystèmes terrestres
Lors de ma maîtrise, j’ai étudié l’influence du génotype du peuplier faux-tremble (Populus
tremuloïdes) sur différents compartiments de l’écosystème forestier boréal. Cette espèce, capable
de former des peuplements génétiquement homogènes (par le biais des clones), constitue un
excellent modèle pour explorer les effets de la variation génétique intraspécifique. Mon projet visait
à déterminer dans quelle mesure cette variation génétique intraspécifique influence la composition
chimique des feuilles et du sol, la composition et la diversité des communautés microbiennes du
sol, ainsi que la composition du sous-bois végétal. Pour ce faire, dix clones distincts ont été
échantillonnés et des analyses chimiques (macro- et micronutriments) ont été menées sur les
feuilles et les sols, et les communautés bactériennes et fongiques ont été caractérisées par des
approches moléculaires. Les résultats ont montré que le génotype du peuplier faux-tremble
influence significativement la chimie du sol et des feuilles, ainsi que la composition des
communautés microbiennes et de la végétation du sous-bois, soulignant l'effet structurant de la
variabilité génétique intraspécifique sur l’écosystème.
Ce type d’approche, qui relie la génétique végétale aux dynamiques écosystémiques via l’étude
des interactions biotiques et abiotiques, s’inscrit au cœur de mes thématiques de recherche. Je
m’intéresse particulièrement à la façon dont la variabilité intraspécifique des plantes structure les
communautés associées et modifie les propriétés du milieu, avec des implications pour le
fonctionnement et la résilience des écosystèmes.
Ce projet m'a permis de développer diverses compétences. Tout d'abord, j'ai acquis de solides
compétences en rédaction scientifique grâce à mon mémoire de recherche, qui a été rédigée sous
la forme d'un article scientifique destiné à être publié. J'ai également acquis des compétences
organisationnelles en planifiant toutes les étapes du projet, de l'échantillonnage sur le terrain au
traitement des échantillons en laboratoire, en passant par la formation d'un assistant de terrain. De
plus, j'ai renforcé mes compétences en matière de procédures de laboratoire liées à l'analyse du
microbiome. En ce qui concerne l'analyse statistique, j'ai développé mon expertise dans RStudio
sur les analyses univariées et multivariées, les méthodes d'ordination et les analyses spatiales. J'ai
également suivi une formation en analyse biostatistique, même si je n'ai pas encore eu l'occasion
de l'appliquer à mes propres données. Enfin, j’ai présenté mes travaux lors de conférences
nationales et internationales, en anglais et en français.
Thème 2 : Diversité microbienne et dynamiques écosystémiques en milieux contraints
Au cours de mes stages de recherche, j’ai pu explorer des aspects variés de l’écologie
microbienne et végétale en milieux naturels, ce qui a renforcé mon intérêt pour cette thématique.
Le premier stage, ayant abouti à ma participation à l’article de Raimbault et al. (2023), portait sur
l’impact de la fragmentation et de la quantité d’habitat sur les communautés fongiques dans des
forêts anciennes. Cette expérience m’a permis de comprendre comment les communautés
fongiques réagissent aux variations et contraintes environnementales, et comment ces dynamiques
influencent la structure et le fonctionnement des écosystèmes. Le second stage, réalisé à
l’Université de Nouvelle-Calédonie, portait sur les mécanismes d’adaptation des plantes
accumulatrices de métaux dans des environnements ultramafiques. J’y ai développé des
compétences solides en échantillonnage racinaire et foliaire, isolement et mise en culture de
microorganismes associés, préparation de milieux nutritifs (LB et PDA), tests de résistance au
nickel, ainsi qu’en biologie moléculaire (extraction, purification, quantification de l’ADN et PCR).
Ces expériences m’ont non seulement permis d’acquérir des compétences techniques solides,
mais elles ont également confirmé mon intérêt pour l’étude des interactions biotiques et abiotiques
dans des milieux contraints et leur rôle dans la structuration et le fonctionnement des écosystèmes.
Thème 3 : Taxonomie fongique, inventaire et structuration des données
Depuis 2020, j’ai eu l’occasion de fréquenter plusieurs sociétés mycologiques à travers le monde,
telles que la Société Mycologique de France (SMF), le Cercle des Mycologues Amateurs d’Abitibi-
Témiscamingue (MYAM-AT), le Cercle des Mycologues Amateurs de Québec (CMAQ), ainsi que
plus récemment la Société Mycologique de Nouvelle-Calédonie (SMNC). Ces engagements
associatifs m’ont permis de développer mes connaissances en taxonomie et en microscopie, ainsi
que d’échanger avec d'autres passionnés et spécialistes, et de participer à de nombreuses
rencontres de terrain, conférences et ateliers de détermination.
Mes précédentes expériences taxinomiques ont naturellement trouvé un prolongement
professionnel lorsque j’ai rejoint, en 2023, le Muséum national d’Histoire naturelle de Paris en tant
que chargée de mission. J’y ai contribué à la mise à jour du référentiel taxonomique national pour
la fonge, dans le cadre du programme TAXREF.
Mes missions comprenaient notamment :
J’ai également un intérêt important pour le travail de terrain et la description d’espèces. J’ai eu
l’opportunité de participer à l’expédition La Planète Revisitée, Îles de Guadeloupe, un inventaire de
la biodiversité tropicale, pour la partie fonge. Dans le cadre de cette mission, j’ai contribué à la
prospection et à la collecte de spécimens fongiques, à leur documentation morphologique et
écologique, ainsi qu’à la préparation des échantillons en vue d’analyses ADN. J’ai également
assuré la coordination avec d’autres spécialistes (botanistes, entomologistes, lichénologues) afin
de favoriser une approche intégrée de l’écosystème, et participé à la rédaction du rapport de
mission. En parallèle, j’ai mené plusieurs expéditions mycologiques en Nouvelle-Calédonie, où j’ai
récolté des spécimens actuellement en attente de financement pour des analyses génétiques
approfondies.
Ces missions ont renforcé mes compétences de terrain, d’identification morphologique et
d’échantillonnage en contexte tropical. L’ensemble de ces expériences a abouti à la rédaction
d’articles et de rapports, afin de valoriser et de diffuser au mieux les connaissances taxonomiques
dans le domaine fongique.
- la vérification nomenclaturale des noms scientifiques (synonymies, auteurs, statuts valides),
- la gestion des sources bibliographiques spécialisées (Index Fungorum, MycoBank, publications taxonomiques récentes),
- la structuration des données taxonomiques et leur intégration dans une base nationale utilisée par l’ensemble des acteurs de la biodiversité (chercheurs, gestionnaires, naturalistes, institutions publiques),
- ainsi que des échanges réguliers avec des experts mycologues.
J’ai également un intérêt important pour le travail de terrain et la description d’espèces. J’ai eu
l’opportunité de participer à l’expédition La Planète Revisitée, Îles de Guadeloupe, un inventaire de
la biodiversité tropicale, pour la partie fonge. Dans le cadre de cette mission, j’ai contribué à la
prospection et à la collecte de spécimens fongiques, à leur documentation morphologique et
écologique, ainsi qu’à la préparation des échantillons en vue d’analyses ADN. J’ai également
assuré la coordination avec d’autres spécialistes (botanistes, entomologistes, lichénologues) afin
de favoriser une approche intégrée de l’écosystème, et participé à la rédaction du rapport de
mission. En parallèle, j’ai mené plusieurs expéditions mycologiques en Nouvelle-Calédonie, où j’ai
récolté des spécimens actuellement en attente de financement pour des analyses génétiques
approfondies.
Ces missions ont renforcé mes compétences de terrain, d’identification morphologique et
d’échantillonnage en contexte tropical. L’ensemble de ces expériences a abouti à la rédaction
d’articles et de rapports, afin de valoriser et de diffuser au mieux les connaissances taxonomiques
dans le domaine fongique.
Thème 4 : Vulgarisation scientifique
En ce qui concerne la vulgarisation scientifique, j’ai eu l’occasion de rédiger deux articles de
vulgarisation, d’une part sur mon projet de maîtrise et d’autre part sur « La mycologie : un domaine
accessible à tous ». J’ai également animé un atelier de vulgarisation sur la mycologie, ce qui a
renforcé mon intérêt pour la diffusion des connaissances scientifiques au grand public et la
sensibilisation à l’importance de la biodiversité microbienne.
